慈姑为挺水植物。根系为须根系，肉质，具细小分枝，无根毛，多从短缩茎基部发生，部分须根还能从叶柄基部穿孔而出。须根长20～30厘米，有的如线状的短须。茎分为短缩茎、匍匐茎和球茎三种。

　　短缩茎上向四周抽生匍匐茎，茎长30～50厘米，粗约1厘米，人土深25厘米左右，一般每株约有匍匐茎10多条。在匍匐茎的末端膨大成为球茎或形成分株。球茎高3～5厘米，横茎3～4厘米，球形或卵形，每个球茎有2～3道环节，环节上覆有很薄的膜质鳞片，每节1芽，球茎顶端有弓形喙状顶芽。叶片箭形，顶部裂片呈椭卵圆形，先端尖或圆钝，下部裂片披针形，叶柄粗大而中空。总状花序，轮状排列，雌雄异花，花瓣倒卵形，花白色，每朵花雄蕊20枚左右。心皮多数离生，果实为瘦果，斜阔倒卵形，两侧扁，内有种子。