羊肚菌的人工栽培由多年的愿望已经变成了现实，但在栽培过程中，仍会因为受到虫害和杂菌的感染而导致栽培失败。现将羊肚菌主要病虫害种类和综合防治措施介绍如下：

　　杂菌类

　　1.细菌：最常见的有枯草杆菌粘液变种、蜡状芽孢杆菌粘液变种，这两种细菌为格兰氏阳性好气细菌，繁殖很快，在适宜条件下半小时可繁殖一代，有异味，使菌丝酸败；

　　2.放线菌：主要以链霉菌为普遍，有白色链霉菌、湿链霉菌、链霉菌。常出现在培养基中或表面。呈白色粉状斑点，能产生土腥味，造成羊肚菌丝不长或者消失；

　　3.酵母菌：红酵母、橙色红酵母、黑酵母。这三种酵母菌对羊肚菌的菌丝体危害很大，出现不长或死亡；

　　4.霉菌：羊肚菌的菌丝最容易被霉菌危害，最常见的有白边青霉、白青霉、木霉，也有烟曲霉、黄曲霉和毛霉、根霉。