1、预防为主：羊肚菌栽培时，首先要做到预防病虫害的发生。预防方法：一是要选择优良健壮传代少的菌种；二是要求菌龄期不超过40天；三是选择和处理好原材料的灭菌杀虫工作；四是掌握好栽培季节，要求在每年11-12月份为宜；五是控制好温度湿度等管理；六是要求环境清洁卫生；七是保持空气新鲜；八是在培养基中加入0.5％的保菇灵药品；九是在栽培周围喷洒灭菌灭虫药品。

　　2、药物灭菌：药物灭菌方法可采用两次进行。第一次可加在培养基中；第二次可在周围和培养基表面喷洒。常用的几种药品有0.5％保菇灵、0.2％克霉灵、0.3％多菌灵、0.1％高锰酸钾、0.2％苯菌灵、0.2％托布津、0.2％消毒剂。从这几种药品对比中，保菇灵是羊肚菌栽培中最理想的灭菌药品。

　　3、药物杀虫：常用的杀虫药有“六六六粉”“敌敌畏”“敌百虫”“杀蚊灵”“灭螨灵”等，根据不同的害虫使用不同的药品，但必须避免各种药害对菌丝和子实体的影响。