银耳致病主要有白粉及杂菌感染，一般杂菌有青霉、毛霉、根霉、木霉和各种曲霉，可用75％的酒精注射杀灭 （要用胶布封针口）。白粉病为害极大，发展也较迅速，严重时可使整桨无收，一般可用石灰硫磺合剂对室内墙壁、地面喷撒，也可在为害部位擦拭。害虫一般有食菌螨、线虫，在夏秋季，特别是出现烂耳时，蝇的为害较为严重，爬舔生蛆；使烂耳迅速传染扩大。防治的方法可用药物如10％～20％的乐果、敌敌畏、三氯杀螨醇等进行喷撒或熏蒸，但不能直接用于耳朵，以免银耳留下残毒。

　　对病虫害应本着防重于治的方针，按照无菌操作的要求，对培养基、培养室及各种用具彻底消毒灭菌。对周围环境要保持干净，消除病虫源，病虫害危害严重者要彻底隔离淘汰。