造成银耳杂菌感染的原因，是由多方面的因素构成的，如季节、环境等。但主要是没有按照无菌操作的要求去进行。如培养基灭菌不彻底、接种室接种管和所用工具消毒灭菌不良、操作人员的个人卫生欠佳，或者使用了被污染的菌种，都会造成杂菌大量感染，影响栽培产量。现将常见的杂菌分述于后：

　　1、毛霉与根霉：这两种菌的形态相似，菌丝疏松，生长迅速，毛较长，毛霉的菌丝色白，根霉稍带土灰色，成熟后都长出灰色孢子囊。这两种菌都是在多潮和空气不良环境中发展较快。

　　2、曲霉：分黑曲霉和黄曲霉两种。菌丝较粗短，孢子都是呈辐射状生长。黄曲霉色枯黄，黑曲霉色灰黑。培养基湿度小时，蔓延较快。

　　3、青霉：为青绿色菌落，分生的饱子便像扫帚，顶端生有分生孢子，喜低温，多在潮湿、空气不良的地方发生。

　　4、链孢菌：菌丝呈棉絮状，生有长串的链状孢子，菌落为鲜艳的橘黄色，培养基湿度大、温度高时蔓延较快。

　　5、酵母和细菌：属于单细胞微生物，个体极小，种类繁多，培养基感染此细菌后，表面呈糊状或粘液状，使培养料发粘带臭味，使菌丝死亡。