病虫害是猴头菌生产中经常遇到的问题。大多数是由于操作管理粗放，环境卫生差和高温高湿的气候条件引起的。其杂菌主要有青霉、木霉、曲霉、毛霉、根霉等。虫害有螨类、菌蝇和跳虫等。

　　防治上除严格做好培养料的灭菌，环境的清洁卫生和栽培室消毒处理外，栽培管理过程中应注意调节栽培室的温、湿度和通气条件。当出现杂菌感染应及时进行处理。瓶栽的瓶面污染杂菌时，应及时把杂菌部位连同培养料挖去，填上新的培养料，重新灭菌接种；若在瓶面出现少量的点状杂菌，用酒精棉或灼烧的铁片烧烫杀灭，然后喷0.2％的多菌灵药液控制。塑料袋局部出现杂菌，可用2％的甲醛和5％的石碳酸混合液注射感染部位以控制蔓延，其未感染部位 仍能正常长出子实体。对于严重污染杂菌的料袋则要及时搬出烧毁，以防孢子扩散蔓延。害虫主要采用敌敌畏药液拌蜂蜜或糖醋麦皮进行诱杀，或用0.4％的敌百虫，0.1％的鱼藤精在每批子实体采收后喷洒防治，也可用1％的敌敌畏和0.2％的乐果喷洒地面和墙脚驱杀害虫。